胎儿亲子鉴定的原理是通过提取胎儿母体外周血（即静脉血）内胎儿游离DNA，进行高通量测序分析，比对疑父DNA样本进而确认亲子关系。
年，相关专家学者报道了在健康人群和患者的血浆中都含有核苷酸之后，人们才认识到，除了有核细胞外，血浆中也含有基因物质。年首次报道了在妊娠妇女的血浆和血清中含有游离胎儿DNA，1种新的非侵入性产前诊断技术随之产生，即运用胎儿游离DNA进行产前诊断。
那么，到底怀孕多久母体外周血中可以检测出胎儿游离DNA？经过专家验证，怀孕后最早5周左右，有部分母体外周血中可检出胎儿游离DNA。但因胎儿有个体差异，有部分胎儿孕6周甚至7周才能提取出足够的dna。
胎儿游离DNA如何进入了母体外周血中？就目前cffDNA的研究来看，其来源机制尚不明确，目前较为一致的观点认为：
1、主体源于胎盘滋养细胞，小部分源于胎儿造血细胞；
2、胎儿组织在发育过程中自然凋亡，释放出的DNA经母-胎界面进入母体血浆循环中；
3、胎儿DNA直接胎儿组织中释放，经母-胎界面进入母体血浆中；
4、母体血浆中胎儿细胞通过胎盘屏障渗透到母体，被母体的免疫系统识别为异物，受到免疫攻击，致使细胞膜溶解，DNA释放入母体血液中。
实验调查研究显示，正常生理条件下的孕妇血浆中cffDNA的浓度与孕周相关，同时存在个体差异。孕中期的孕妇血浆DNA浓度高于孕早期，相对于孕期无创亲子关系检测，无创DNA产筛的孕周要求还更高一些。当然，也并不是说孕周越大，结果就越准确，无论孕周大小，实验室都是按照规范的流程以及统一的标准进行实验检测的，确定了结果才会出具报告。数据无法判定结果的情况下需要加测或二次补样，直到数据分析达到实验室的要求并可以确定结果才会出具报告。
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